II. Rákóczi Ferenc 1676. március 27-én a Zemplén megyei Borsi kastélyban született. Apja, I. Rákóczi Ferenc választott erdélyi fejedelem, anyja Zrínyi Ilona, Zrínyi Péter horvát bán lánya volt. Apját 3 hónapos korában veszítette el, anyja 1682-ben Thököly Imre fejedelem felesége lett. Thököly, a kor szokásai szerint, minden fontos alkalommal maga mellett tartotta nevelt fiát, aki így már gyermekként tanúja lehetett nevelőapja diplomáciai tárgyalásainak.
1685 szeptemberében a közeledő császári csapatok elől a Rákóczi-birtokokról minden értéket Munkácsra vitettek, majd ide zárkózott be Zrínyi Ilona is gyermekeivel. 1685 novemberében a császári generálisok ostromzár alá vették a várat. A védelmet két és fél éven át Zrínyi Ilona irányította, aki 1688. január 17-én hosszas tárgyalások után feladta a várat.
A család tagjainak el kellett hagyniuk Magyarországot, birtokaikon sem tarthatták meg. Zrínyi Ilonának Bécsben jelöltek ki lakhelyet; lányát, Juliannát a bécsi orsolyiták kolostorába zárták, Ferencet pedig a csehországi Neuhaus jezsuita kollégiumába küldték. Ferenc 1688 és 1690 között tanult itt, majd nevelői 1690 őszén Prágába irányították, hogy egyetemen folytassa tanulmányait. Két évig természettant, matematikát, geometriát és fizikát tanult, hadmérnöki ismerteket szerzett, s ballisztikával és erődítéstannal is foglalkozott.
1692-ben gyámjai - időközben férjhez ment húga férjének, Aspremont grófnak a követelésére - Bécsbe rendelték, és nagykorúsították. Minderre azért volt szükség, hogy a Rákóczi-vagyonból húga törvényes örökségét, a "leánynegyedet" kiadhassák. 1693-ban egy évet töltött Rómában, s visszatérése után azonnal magyarországi birtokaira ment. Miután beiktatták Sáros vármegye főispáni hivatalába, feleségül vette Sarolta Amália hesseni hercegnőt. Három gyermekük született Lipót, József és György.
1700-ban a lengyelországi francia követen, valamint a császári hadsereg belga származású tisztjén, Longueval kapitányon keresztül felvették a kapcsolatot XIV. Lajos francia királlyal. A kapitánytól azonban Bécsbe kerültek a levelek, Rákóczit 1701-ben azonnal letartóztatták, majd a bécsújhelyi börtönből még a tárgyalás előtt, a biztos halálos ítélet elől szöktették meg a feleségével szövetkezett befolyásos udvari körök. Egyenesen Lengyelországba menekült, ahol tovább folytatta diplomáciai erőfeszítéseit Franciaország szövetségének megszerzéséért.
"Cum deo pro patria et libertate!" - Istennel a hazáért és a szabadságért!
A munkácsi uradalom jobbágyainak fegyveres felkelését felhasználva 1703 júniusában tért vissza Magyarországra, s a Brezán várában kibocsátott kiáltványban foglalta össze a felkelés okait és politikai céljait. Politikájában két lehetőség fogalmazódott meg. Az első a Habsburg-dinasztia trónfosztását, Magyarországon a választó királyság visszaállítását és egy új király választását, valamint Erdély függetlenségét körvonalazta. Amennyiben ez nem elérhető, akkor a Habsburg-uralkodóval kell megvalósítani a Magyar Királyság régi jogainak visszaállítását, a sérelmek orvoslását és az önálló Erdélyi Fejedelemség elismertetését.
Politikai stratégiájában fontos külső tényezőként vette figyelembe a spanyol örökösödési háborút. Mindvégig szorgalmazta a francia szövetség megkötését, de erre XIV. Lajos nem volt hajlandó, amiben nem kis szerepe volt annak a ténynek, hogy a háború alatt Franciaország európai hatalma egy időre meggyengült. Anglia és Hollandia a Habsburgok mellé állt, de az európai hatalmi egyensúlyt szem előtt tartva mind az angolok, mind a hollandok hajlandók lettek volna az Erdélyi Fejedelemség függetlenségének garantálására.
1704-ben, amikor a francia-bajor seregek blenheim-hochstädti veresége megfosztotta Rákóczit a közvetlen nyugati segítség elérésétől, a gyulafehérvári országgyűlés Erdély fejedelmévé választotta. Holland, majd angol közvetítéssel már 1704-ben megkezdődtek a béketapogatózások Rákóczi és a Habsburgok között. Eközben a szécsényi országgyűlésen 1705-ben a magyar rendek szövetsége vezérlő fejedelemmé választotta Rákóczit, ezzel kerülve meg az államforma megválasztásának egyre égetőbb kérdését.
Az 1706-os nagyszombati béketárgyalások az angol és holland közvetítés ellenére kudarcba fulladtak, mert Rákóczi a békemegállapodás garanciáját abban látta, hogy Bécs elismeri Erdély függetlenségét. Ezt a feltételt azonban a Habsburgok nem fogadták el. Rákóczi 1707-ben megpróbált orosz segítséget kérni, de ehhez előbb békekötésre kellett volna bírni a háborúzó XII. Károly svéd királyt és I. Péter orosz cárt, ami nem sikerült. A hadi helyzet 1710-re egyre kritikusabbá vált, Rákóczi hadserege az ország területét feladva, a kiindulási pontra, a Rákóczi-birtokokra vonult vissza.
Rákóczi a legfontosabbnak azt tartotta, hogy a spanyol örökösödési háborút lezáró európai békekötésig kell kitartani. 1711. január 9-én még azzal a reménnyel utazott Lengyelországba, hogy tárgyalhat I. Péter cárral, de csupán Dolgorukij hercegig jutott. Az országba visszatérvén Vaján találkozott Pálffy János császári generálissal, akivel megegyezett a tárgyalások folytatásáról. A fejedelem február végén ismét Lengyelországba utazott, Károlyi Sándort bízta meg a kuruc sereg főparancsnokságával és a Pálffy Jánossal való tárgyalások folytatásával.
Károlyi 1711. április 30-án Szatmáron aláírta a Pálffyval kötött békemegállapodást, amelyet Rákóczi soha nem ismert el. A szatmári béke szerint a fejedelem is kegyelmet kapott volna, ha három héten belül leteszi hűségesküt, de erre ő nem volt hajlandó, inkább az önkéntes száműzetést választotta. 1712-ig Lengyelországban élt,1712 novemberében Angliába indult, de nem engedték partra szállni, így Franciaországba hajózott, ahol 1713-tól 1717-ig tartózkodott. 1717-ben indult Törökországba, ahol aztán a kormány által kijelölt lakhelyen, Rodostóban élt haláláig.
Hamvait 1906-ban a Kassai dómban helyezték örök nyugalomba.